Documentation

Here you can find all functions and classes in ProtoCaller. For some worked examples showing how ProtoCaller works as a whole, look at the “Examples” section.

• ProtoCaller.Ensemble package
  • Submodules
    • ProtoCaller.Ensemble.Ligand module
    • ProtoCaller.Ensemble.Perturbation module
    • ProtoCaller.Ensemble.PerturbationList module
    • ProtoCaller.Ensemble.Protein module
  • Module contents
• ProtoCaller.IO package
  • Subpackages
    • ProtoCaller.IO.PDB package
      • Submodules
        • ProtoCaller.IO.PDB.Atom module
        • ProtoCaller.IO.PDB.Chain module
        • ProtoCaller.IO.PDB.Missing module
        • ProtoCaller.IO.PDB.Residue module
      • Module contents
  • Submodules
    • ProtoCaller.IO.GROMACS module
    • ProtoCaller.IO.SDF module
  • Module contents
• ProtoCaller.Parametrise package
  • Submodules
    • ProtoCaller.Parametrise.amber module
  • Module contents
• ProtoCaller.Protocol package
  • Module contents
• ProtoCaller.Simulation package
  • Module contents
• ProtoCaller.Solvate package
  • Module contents
• ProtoCaller.Utils package
  • Submodules
    • ProtoCaller.Utils.ConditionalList module
    • ProtoCaller.Utils.fileio module
    • ProtoCaller.Utils.pdbconnect module
    • ProtoCaller.Utils.runexternal module
    • ProtoCaller.Utils.stdio module
  • Module contents
• ProtoCaller.Wrappers package
  • Submodules
    • ProtoCaller.Wrappers.babelwrapper module
    • ProtoCaller.Wrappers.biosimspacewrapper module
    • ProtoCaller.Wrappers.charmmguiwrapper module
    • ProtoCaller.Wrappers.modellerwrapper module
    • ProtoCaller.Wrappers.parmedwrapper module
    • ProtoCaller.Wrappers.pdb2pqrwrapper module
    • ProtoCaller.Wrappers.pdbfixerwrapper module
    • ProtoCaller.Wrappers.rdkitwrapper module
  • Module contents